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L'éditeur de WebJaxe nécessite Java 1.6 ou ultérieur. Il peut donc être nécessaire d'installer Java si ce n'est pas déjà fait. L'éditeur s'ouvre dans une nouvelle fenêtre. Il faut faire attention à ne pas fermer la fenêtre d'origine dans le navigateur, car cela ferait disparaître la fenêtre d'édition sans possibilité de sauvegarde.
Il existe un bug dans Firefox et certains autres navigateurs qui empêche la lecture des fichiers XML si l'option "Accepter les cookies tiers" est désactivée. Avec ces navigateurs, il faut donc activer cette option dans les préférences pour pouvoir utiliser l'éditeur. Une autre solution consiste à ajouter une "exception" dans la gestion des cookies pour toujours autoriser les cookies venant du serveur de WebJaxe.
L'éditeur fonctionne avec le méta-langage XML, et les textes entrés sont donc organisés avec des balises de début et de fin. Chaque bout de texte est encadré par des balises qui lui donnent du sens. On peut insérer de nouveaux éléments avec les menus, ou avec le panneau d'insertion à gauche de la fenêtre. Le panneau d'insertion n'affiche que les éléments autorisés à l'emplacement du curseur, ce qui permet d'éviter de créer un document invalide, c'est à dire ne respectant pas les règles du langage XML choisi.
Les éléments disponibles, ainsi que les règles d'arborescence des éléments, sont définis par le langage XML choisi par l'administrateur. Il est important de connaître le langage que l'on utilise pour bien utiliser l'éditeur. Une documentation spécifique existe pour le langage XPAGES, dont la configuration WebJaxe est fournie avec WebJaxe.
Il existe une documentation utilisateur pour l'application Jaxe, qui s'applique aussi à l'éditeur de WebJaxe. Il y a cependant certaines fonctions qui n'existent pas dans WebJaxe. D'autres fonctionnalités sont désactivées à cause des restrictions de sécurité que les navigateurs imposent aux applets Java. En particulier le copier-coller, comme expliqué ci-dessous.
Par défaut, les applets Java n'ont pas le droit de lire le presse-papier du système. Cela signifie en général que l'on ne peut pas faire de copier-coller depuis une autre application. Il existe deux méthodes pour contourner ce problème :
grant codeBase "http://NOM.DU.SERVEUR/DOSSIER_DE_WEBJAXE/-" { permission java.awt.AWTPermission "accessClipboard"; };(écrire https au lieu de http si https est utilisé pour accéder à WebJaxe)